Die Abteilungsvorsteher/Leiter bilden zusammen mit dem Direktor und der Leiterin Verwaltung die Schulleitung (die Lehrwerkstätte Basel für Mechaniker ist im Organigramm festgehalten, deren Leiter gehört aber nicht der Schulleitung an), welche durch die administrativen Dienste (z.B. Beauftragter IT-Systeme, Beauftragter Mediathek) und durch den Strategierat unterstützt wird. Die Vertretung der AGS gegen innen und aussen obliegt der Schulleitung AGS.

Die QM-Gruppe AGS ist als Stabsstelle der Schulleitung verantwortlich für das Qualitätsmanagement an der AGS. Sie besteht aus sieben Mitgliedern (Leiter: Direktor-Stellvertreter plus drei Vertreter der Schulleitung sowie drei Vertreter/innen der Schulkonferenz. Der Beauftragte Gesundheitsförderung ist eines der vorgängig aufgelisteten Mitglieder).